Álvaro Negredo comenzó a jugar al fútbol en el barrio madrileño de Vallecas y pronto ingresó en las categorías inferiores del Rayo Vallecano. En la temporada 2004-05, cuando aún era jugador del Rayo B, fue ascendido al primer equipo que se encontraba en Segunda división B

En verano de 2005 fue fichado por el Real Madrid para incorporarlo al Real Madrid Castilla. Su debut con la camiseta del filial madridista fue en la final del Trofeo Teide, que acabó con victoria por 2-1. En su primera temporada no disputó muchos partidos, ya que Roberto Soldado era el delantero centro titular, pero gracias a las subidas del valenciano al primer equipo se hizo un hueco en el once titular del filial madridista

En la temporada 2006-07, Álvaro Negredo fue un fijo en el once del Castilla. Fue el máximo goleador y el lanzador de penalties del equipo, aunque no tuvo mucha suerte desde los 11 metros. Además, formó parte de la convocatoria del Real Madrid en algunos partidos de Copa del Rey. A pesar de que el Castilla estaba en la zona baja de la tabla, Álvaro Negredo fue uno de los máximos goleadores de Segunda división en la temporada 2006-07. Entre sus peculiaridades destaca la costumbre de dar una voltereta para celebrar sus goles, tal como hacía Hugo Sánchez.

El 26 de agosto de 2007 debuta en Primera División con la UD Almeria frente al Deportivo de La Coruña, marcando el primer gol de la temporada para el conjunto rojiblanco.